Все традиционные среднеазиатские государственные образования - и сложившийся в XVI в. Бухарский эмират, и выделившиеся из него Хивинское (XVII в.) и Кокандское (XVIII в.) ханства - управлялись узбекскими династиями, хотя зачастую власть и оспаривалась представителями знати других проживавших в этих государствах народов. Так, в Кокандском ханстве (власть которого распространялась на всю Ферганскую долину и часть Центрального Таджикистана) боролись за власть узбекская, киргизская и кипчакская знать.

Истоки борьбы за власть лежат еще в первой половине XIX в., когда южнокиргизские манапы (представители родовой знати) оспаривали власть в расположенном на территории Ферганской долины Кокандском ханстве у сартовской (узбекской) и кипчакской группировок знати. Поскольку же Кокандское ханство в это время (1830–1840-е гг.) формально подчинило себе всю Киргизию, то это обстоятельство породило у южнокиргизской знати определенные претензии на господство над всем своим народом. В свою очередь, среди северных киргизов в это же время выдвинулось племя сарыбагыш.

причины конфликта между киргизами и узбеками:

1. Узбекско-киргизские противоречия получили продолжение в ХХ в. После 1924 г. Ферганская долина была разделена границами национальных республик. Между тем для Средней Азии неприменим европейский принцип организации государств по национальному признаку, она всегда делилась по признаку региональному: в Ферганской долине сформировалось Кокандское ханство, в Хорезмском оазисе - Хивинское, а в Мавераннахре - Бухарский эмират. При этом принцип "национальных государств" тоже нарушался. Так, проведение границ между Узбекистаном и Киргизией мотивировалось следующим образом: "Если мы отдадим Ош и Узген, где преобладают узбеки, Узбекистану, то у южных киргизов не будет ни одного города"2.

2. Проект «Великий Узбекистан», о котором не принято говорить, но который подспудно имеет место и подразумевает включение в состав этого государства всех территорий, когда-либо входивших в пределы Бухарского эмирата, Кокандского и Хивинского ханств, в т. ч. и Южной Киргизии, а возможно, и всей. Север Киргизии входил, хотя и непрочно, в состав Кокандского ханства с начала 1830-х по начало 1860-х гг.

3. Проект «исламской интеграции», с созданием исламо-фундаменталистски ориентированного государства или конгломерата государств. Ядром такой интеграции в восточной части Средней Азии стало бы восстановление «Кокандского ханства» в границах Ферганской долины – узбекской, киргизской и таджикской ее частей. Эта идея, по заявлению Аскара Акаева (август 1999 г.), впервые была озвучена во время вторжения исламистских боевиков в Киргизстан в 1999 г.

4. Кроме того, киргизы исповедуют ислам весьма поверхностно, а земледельцы-узбеки считают скотоводов-киргизов "лентяями".

противостояние Север – Юг

Во внутрикиргизском конфликте играет свою роль и религиозный фактор. В Южной Киргизии, позиции ислама намного сильнее, чем в северной. В середине 1990-х гг. некоторые эксперты считали, что в партии «Эркин Кыргызстан» («Свободный Киргизстан»), большинство членов которой составляют южане, могут проявиться фундаменталистские тенденции. Во всяком случае, среди южных киргизов имеются сторонники создания общеферганского исламского государства.

http://www.etnograf.ru/node/1160

http://www.analitika.org/article.php?story=20050506023557676